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    Archive for 五月, 2009

    在Taverna中创建科学工作流

    31st 五月 2009

    使用Java语言开发的工作流执行工具并不少见,但由英国e-Science研究机构OMII-UK资助开发的Taverna项目在工作流处理方面却有其独到之处。

    Taverna是myGrid网格项目旗下的开源工作流设计和执行引擎,其目标是提供一种语言和软件工具,方便在eScience中使用工作流和分布计算技术。

    通过Taverna提供的可视化设计器,使用者可以组装社会化信息、高性能计算、地理生物等不同域内的Web服务,并在此基础上定制并执行工作流。

    在Taverna Workbench启动同时,默认会加载Biomart、Soaplab定义的Web服务组件以及已有WSDL描述,共用户直接拖拽到设计器中进行工作流组装。

    Taverna本身使用Scufl(Simple Conceptual Unified Flow language)格式的工作流描述语言。Scufl是基于XML的高抽象级数据流描述语言,定义了不同服务间数据交互的流程。Scufl在WSFL工作流描述语言的基础上,提供更简化、抽象级别更高的描述,适合科学工作流的语义定义。同时,Taverna也支持可识别XML格式定义的工作流。

    在Taverna工作流描述中,包含的五种实体分别是:(1)输入集Inputs(2)输出集Outputs(3)服务组成的处理过程Processors(4)数据源到数据目的地的数据连接Data Links(5)协同约束条件和依赖规则Coordination Constraints。一个完整的工作流,在定义了上述五个部分之后,就可以在Taverna Workbench上执行。

    目前已有专门的Taverna项目支持站点myExperiment,帮助使用者寻找或分享Taverna创建的各种工作流。对于Startup的用户,可以先下载用于获取每日的Dilbert漫画的工作流上手实例,来体验Taverna所提供的功能。另外,还有一份OMII的制作的Taverna培训教程,来帮助用户了解深入使用Taverna工作流的更多功能。

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    OpenMapTwitter开源项目介绍

    25th 五月 2009

    OpenMapTwitter项目是通过调用OpenStreetMap开放地图,来显示Twitter好友位置的开源项目。OpenMapTwitter在NetBeans 6.7 Beta平台上使用Java代码开发,并且重用了NetBeans的Platform API以及专门提供Twitter API封装的Twitter4J类库,在OpenStreetMap地图显示方面,借用了SwingLabs提供的Swing组件JXMapKit。

    项目处于Startup阶段,代码托管在Sun的开源平台kenai.com上,地址参见:http://kenai.com/projects/openmaptwitter/

    OpenMapTwitter用到的主要技术Tips如下:

    • NetBeans 6.7:Platform API提供了重用NetBeans组件来构建应用程序的机制,应用程序的基础即为IDE核心,在Netbeans Platform可以通过附加模块开发来为应用拓展新的功能。

    • Twitter4J:提供Twitter API的Java封装,可以帮助开发者将Java应用与Twitter服务结合。目前已包含的功能有:更新用户状态,获取Twitter好友列表,用户Timeline,OAuth认证,收发Direct Messages,搜索Tweets内容等。

    • OpenStreetMap:提供由世界各地志愿者使用GPS终端,通过收集数据而创建的世界矢量地图。OpenStreetMap服务器对外提供API调用接口,开发者可以通过OSM命令或HTTP请求等方法来调用API获取OpenStreetMap提供的矢量图。

    • JXMapKit:是SwingLabs开源实验室项目的子模块,SwingLabs提供了众多简化Swing界面设计的工具,以帮助开发者改进Swing应用的性能和界面外观。JXMapKit提供了OpenStreetMap瓦片地图的调用功能。

    • Geocoding:地址译码,使用了geonames.org提供的地址译码Web Service,但目前这个服务对中文译码的支持并不好。

    项目原型使用了三天左右的时间开发,还处在初始阶段,Twitter好用的客户端非常多,故此项目初衷也并非是重新打造一个成熟的Twitter客户端。最主要目的,是将各种流行的元素如Twitter、Kenai.com、NetBeans Platform、OpenStreetMap等融合在一起进行一些有趣的展示,并借此推广最近关注的一些Java技术。

    欢迎感兴趣的开发者在kenai.com注册账号,并参与到OpenMapTwitter开源项目中贡献你的代码。

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    Grizzly实现仿Twitter异步读写应用

    22nd 五月 2009

    在JDK 1.4之前,Java的阻塞式网络IO接口在处理大量用户请求时,常会由于网络阻塞而引起处理线程终止。如果为每个用户分配单独的处理线程,在应对大规模请求时,则会在Java线程资源分配和线程调度方面占用巨大的开销,如使用多Java虚拟机或多服务器集群来满足大并发请求,则会为系统架构带来成本上的增长。

    在JDK 1.4后续版本中,通过增加New IO特性,能够让应用服务器以非阻塞方式处理网络请求,在处理大量并发请求时不必耗费大量线程。

    Grizzly是GlassFish的子项目,Grizzly在NIO技术的基础上,通过异步请求服务实现应用服务器中高性能的Java HTTP引擎,并且屏蔽NIO编程模型的复杂性。同时,Grizzly也可以独立于GlassFish作为单独框架来扩展和构建服务器应用。除了GlassFish本身,目前有为数不少的服务器应用都在使用Grizzly处理HTTP请求,包括 Jetty、Alaska、Tango、Jruby on Grizzly等应用。

    始于2004年的Grizzly项目,在目前最新的2.0.0 Milestone版本中,已在http-servlet模块中包含Servlet部署工具,并完全支持HttpService OSGi特性。为了展示Grizzly的服务器推送技术(别名”Comet”彗星),开发者Arcand使用了约150行Java代码,在Grizzly Comet框架的帮助下,实现了一个模拟Twitter的应用,以展示借助Grizzly实现功能强大的无阻塞异步读写应用示例。

    整个应用仅用一个Servlet实现,首先需要创建CometEngine类的对象,这是框架的入口点;其次要创建 CometContext对象,以此来处理等待队列中的连接;在程序中还需要定义CometHandler来允许Web应用处理排队连接的生命周期。感兴趣的开发者可以下载打包好的Twitter应用,来亲身体验基于Grizzly实现的仿Twitter异步读写应用实例。

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    地理所第四届公众科学日

    12th 五月 2009

    主 题:认识人地关系,建设和谐家园
    时 间:2009年5月17日(周日)9:00-17:00
    地 点:地理科学与资源研究所内

    1、科普报告(上午9:30-11:30,东楼2602)

    • 邵雪梅 研究员:树轮的秘密(9:30-10:10)
    • 单之蔷 中国国家地理执行总编:中国版图的四至点(10:20-11:00)

    2、地理知识竞赛(14:00-16:00,东楼2602)

    3、科研体验

    • 数字地球–地球信息科学的今天与未来 (东楼三层2321)
    • 生态哨兵网–生态系统观测研究网络(南楼四层1426)

    4、科普展览、展播

    • “全球变化”主体科普展厅(东大厅)
    • 科普知识展(北大厅)
    • 科研环境展示(东楼二层:黄河古地图、古籍方志馆)
    • 中国国家地理杂志编辑部(东楼一层2105)
    • 博物杂志编辑部(东楼二层2207)
    • 中华遗产杂志编辑部(东楼二层)
    • 品图斋(东楼三层2303:陈述彭院士捐赠的图书及图件)
    • 科考影像展播(东楼2521)

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    OSGeo讲座2009年5月(空间思维与协同创新)

    8th 五月 2009

    OSGeo(开源地理空间基金会)致力于开源GIS和自由软件在科研单位和学校的推广,并以普及开源地理信息以及最新科学技术进展及为宗旨。OSGeo论坛每月举办一次,采取开放式主题选择,每次活动包含两场讲座,将邀请开源GIS、自由软件和开源社区参与者以及乐于分享的老师和学生主讲,内容包含但不限于开源GIS、科学计算、天文、生物等相关科技进展,以及Linux/Unix操作系统、数据库技术、动态语言等自由软件。

    09年5月份活动主题如下:

    2009-5-11号周一,上午10:00-12:00
    10:00-11:00:讲座1:空间思维的重要性(ESRI资深教育专家Michael Phoenix博士)
    “The Importance of Spatial Thinking”
    11:00-12:00:讲座2:科研与业界如何协同创新(ESRI教育行业总监Michael Gould博士)
    “University and Business Collaboration: Working together toward innovation”

    地点:
    中国科学院地理科学与资源研究所,5楼,2521会议室
    朝阳区安外大屯路甲11号(北沙滩桥向东1公里枫林绿洲对面,路北)

    详细地图请参阅
    http://osgeo.org.cn/?q=node/3

    讲座专家中英文简历下载:
    http://osgeo.org.cn/down/resume_esri.pdf

    Michael Phoenix

    Phoenix先生在美国马萨诸塞州的克拉克大学获得地理学博士学位。在他长期的职业生涯中,曾经在亚洲、拉丁美洲、非洲等地的多种组织任职,包括美国和平队、美国国际开发署以及联合国难民事务高级专员。近些年来,他花去了一年的时间在不丹(2001年)做联合国志愿者,帮助建立一个全国性GIS机构。

    Phoenix目前在ESRI教育行业解决方案小组工作。其主要目标是鼓励空间文化的传播,通过帮助院校获取空间分析的工具,以增强大家对地理信息科学重要性的认识与了解。

    Michael Gould

    Gould先生在纽约州立大学Buffalo分校的NCGIA获得博士学位(1994年)。在硕士和博士学习期间,他是美国哈佛大学计算机图形学及空间分析实验室的研究员,随后在南卡罗来纳州一家环境咨询公司担任GIS专家,在那里他帮助NOAA(美国国家海洋和大气局)制作了石油溢出响应方面的应用软件。

    2000年至2001年在韦兰德马萨诸塞州OGC工作,进行国际活动组织和对文档小组的管理。在过去的十年间,他指导研究了几个由地方、国家以及欧盟资助的研究项目,主要在空间数据基础设施(SDI)互操作性方面。最近,他与明斯特大学(德国)以及Nova de Lisboa大学(葡萄牙)合作建立了地理空间技术科学的理学硕士学位点,这一计划面向全球的学生。他还在多个组织中任职,包括西班牙SDI管理委员会,两年的欧洲地理信息系统实验室联盟主席,全球空间基础数据协会(Global Spatial Data,GSDI)技术委员会,欧盟INSPIRE元数据执行规范指导委员会,并且积极参与联合国空间数据基础设施项目(UNSDI)。

    讲座详情:http://osgeo.org.cn/?q=node/26

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